Sandra Matthijs, Microbiologiste

Interview réalisée en décembre 2014

Sandra Matthijs, Docteur en sciences, Microbiologiste et Chargée de recherche à l’IRMW [1].

Qu’est-ce qu’un/une microbiologiste ?

C’est quelqu’un qui étudie les organismes qui ne se voient pas, comme les bactéries par exemple. Les micro-organismes permettent de mieux comprendre le fonctionnement des autres organismes, tout en étant plus faciles à analyser. Une bactérie est assez simple comparée à un chat ou une souris par exemple. La microbiologie constitue aussi la base de l’étude de l’évolution biologique car la vie a commencé avec les bactéries. Certaines sont responsables de maladies chez l’homme, l’animal ou les plantes. Il est important de les connaître. D’autres participent à notre fonctionnement, nous ne pourrions pas digérer et vivre sans les bactéries qui vivent dans nos intestins. Dans un corps humain, il y a plus de bactéries que de cellules ! L’étude de la microbiologie a aussi des aspects très pratiques : les bactéries poussent très vite, en une journée on peut en obtenir des millions. Un microbiologiste peut avancer plus vite dans ses expérimentations qu’un botaniste qui doit attendre plusieurs semaines ou mois pour voir pousser une plante.

Qu’est-ce que l’IRMW ?

L'Institut de Recherches Microbiologiques Jean-Marie Wiame est un centre de recherches sur les micro-organismes. Plusieurs de mes collègues travaillent sur les levures[2]. Ils étudient le métabolisme des levures et les utilisent comme outils pour produire des molécules d’intérêt. D’autres travaillent sur les extrêmophiles qui sont des bactéries vivant dans des milieux extrêmes, par exemple à des températures très élevées de plus de 80 degrés. Ils observent comment la bactérie s’adapte pour survivre dans ces conditions. L’Institut fait partie du Centre d’Enseignement et de Recherche des Industries Alimentaires (CERIA). Beaucoup de membres du personnel scientifique sont employés par la COCOF (Commission communautaire française), mais nous avons également un Professeur de l’Université Libre de Bruxelles au sein de l’IRMW. Le personnel scientifique se compose d’une vingtaine de personnes, auquel vient s’adjoindre le personnel administratif et technique, environ dix personnes. Nous accueillons des étudiants pour certains travaux pratiques de laboratoire et pour des stages de quelques mois. Ils proviennent principalement d’établissements bruxellois mais nous recevons aussi des stagiaires de l’étranger. L’école de promotion sociale Roger Lambion est notre voisine sur le campus du CERIA, ils forment notamment des bacheliers en chimie, orientation biotechnologie. Chaque année, plusieurs de leurs étudiants réalisent leur stage ou leur travail de fin d’études chez nous.

Quel est le sujet et l’objectif de vos recherches ?

Je travaille sur des espèces particulières de bactéries appelées Pseudomonas. Le grand public connaît plus particulièrement Pseudomonas aeruginosa, qui induit facilement des infections systémiques chez des patients de fibrose kystique (mucoviscidose). Mes recherches portent sur des bactéries non-pathogènes de biocontrôle, qui aident les plantes à pousser ou à se défendre contre des phytopathogènes[3]. Soit elles stimulent le système immunitaire des végétaux, soit elles produisent une (ou plusieurs) molécule antimicrobienne qui va tuer le phytopathogène au niveau de la racine. Je cherche également de nouvelles molécules et de nouveaux antibiotiques. Ma recherche est actuellement exclusivement fondamentale mais par la suite je pourrai développer des aspects plus appliqués qui seront utilisés par les entreprises pour développer des produits destinés à combattre les phytopathogènes ou d’autres maladies. Un antibiotique peut être efficace contre un seul pathogène mais certains sont utilisés contre plusieurs espèces, ce sont les antibiotiques à large-spectre. Mes recherches portent sur l’application dans le domaine végétal mais pourraient un jour concerner l’homme ou l’animal. Parmi les Pseudomonas, il existe une souche qui produit une substance déjà utilisée en pharmacie dans des pommades traitant les infections provoquées par les staphylocoques. Une autre souche est utilisée pour dépolluer les sols.

Collaborez-vous avec le monde de l’entreprise ?

Personnellement, pas pour l’instant mais mon responsable de service travaille en collaboration avec des entreprises. Il développe un projet de production de lactoferrine[4] au moyen de levures.

Collaborez-vous avec d’autres chercheurs ?

L’IRMW travaille en collaboration permanente avec l’Université Libre de Bruxelles (ULB). Nous utilisons des adresses email ulb.ac.be, nous avons accès à tous leurs articles scientifiques. Nous développons aussi beaucoup de collaborations ponctuelles avec d’autres Universités, pour partager des techniques ou des connaissances spécifiques. Nos publications scientifiques sont très souvent issues d’un travail de groupe entre chercheurs, on avance plus vite à plusieurs.

Travaillez-vous seule ou en équipe au sein de l’IRMW ?

La plupart du temps je travaille seule mais nous collaborons également ponctuellement, en fonction des besoins. En ce moment, par exemple, une de mes collègues m’aide à cribler[5]. L’IRMW engage également des techniciens de laboratoires, qui ne travaillent pas pour un chercheur en particulier mais qui préparent des milieux de culture pour tout le monde et qui gèrent les stocks de matériel.

Un exemple concret d’expérimentations menées au sein de votre laboratoire ?

Quand je réalise du criblage pour vérifier si une bactérie produit une molécule permettant de résister à un phytopathogène, je procède à un test. Dans une boîte de Petri[6], je dépose quatre gouttes de bactéries (en carré) que je laisse se développer durant une journée. Si elles produisent des molécules, cela se diffuse dans le milieu, autour des quatre points. Le lendemain, je dépose une goutte de pathogène au centre du carré, que je vais laisser se développer également. Si parmi les molécules produites, il y a des propriétés antimicrobiennes, on va voir apparaître une zone d’inhibition au bout d’une petite semaine. C’est-à-dire que le pathogène ne pourra pas s’étendre à proximité des quatre gouttes initiales mais se répartira sur le reste de la surface. Le résultat est visible à l’œil nu. Ici, j’ai décrit ce qui se passe dans une seule boîte mais nous effectuons ce travail sur une centaine de souches en même temps. Quand j’observe une zone d’inhibition, je poursuis le travail pour identifier la molécule ou le type de molécule qui permet de bloquer ou parfois même de tuer/détruire le phytopathogène. Pour identifier les bactéries, l’observation se fait au microscope mais quand on travaille au niveau moléculaire, qui est encore plus petit, on travaille avec des analyses génétiques (ADN). Certaines firmes spécialisées peuvent aujourd’hui fournir un génome[7] complet en quelques jours, là où il y a une dizaine années, je passais des semaines à séquencer moi-même une petite partie de l’ADN d’un organisme.

Quel est votre parcours scolaire et professionnel ?

Mon père était militaire et nous avons vécu en Allemagne durant une partie de ma jeunesse. Je suis néerlandophone et ma seconde langue fut l’allemand. Durant mes études secondaires, à Schaerbeek, j’ai choisi des options scientifiques et mathématiques. J’ai beaucoup hésité au moment du choix des études supérieures car je n’avais aucune idée du métier que je voulais exercer plus tard. J’ai décidé d’étudier la biologie à la VUB (Vrije Universiteit Brussel), par goût pour les études en elles-mêmes, toujours sans objectif métier particulier. J’ai appris l’anglais car c’est indispensable dans les études et les carrières scientifiques. J’étais très intéressée par l’écologie et mon mémoire portait sur les mangroves [8] en Afrique. Je suis partie là-bas deux mois, c’était une expérience fantastique mais également difficile, en raison du choc culturel et des conditions climatiques. Le sujet était très intéressant mais peu porteur en matière d’emploi. Pendant mon mémoire, j’ai rencontré des collègues qui travaillaient sur la biologie moléculaire et j’ai trouvé cela très instructif. Le promoteur de ma thèse de doctorat, qui portait également sur les mangroves, était impliqué dans un laboratoire de biologie moléculaire et il m’a donc proposé de changer de sujet et travailler sur des bactéries. A l’époque, c’était tout nouveau, la biologie a pris un grand tournant vers la génétique et la biologie moléculaire. Le laboratoire de mon professeur, qui se spécialisait au départ dans la physiologie des plantes, a changé de sujet de recherches pour se pencher sur les interactions microbiologiques. J’ai connu cette transition. A la fin de ma thèse de doctorat, j’ai continué à faire de la recherche à la VUB, sur différents contrats, notamment un contrat de six mois pour la Région de Bruxelles-Capitale, mais aussi des contrats universitaires et plusieurs contrats pour le VIB, l’Institut flamand de biotechnologie. Au bout de huit ans de contrats courts, j’avais envie d’un emploi stable, étant mère de famille. J’ai alors postulé comme chargée de recherche à l’IRMW. L’Institut est proche de chez moi et son atmosphère me plait beaucoup. Le bâtiment a l’air ancien, mais le matériel et les équipements sont à la pointe de la technologie. Je ne parlais pas bien le français et cela ne m’a posé aucun problème, j’ai été bien intégrée et j’ai appris la langue française en travaillant. Mes collègues m’ont offert la liberté de parler, d’essayer et de faire des erreurs. Cela fait maintenant quatre ans que je suis ici, et j’ai la chance d’avoir depuis deux ans un contrat à durée indéterminée. Au départ, je travaillais sur l’espèce staphylocoque mais j’ai abandonné car c’est un domaine qui a déjà été beaucoup étudié. J’ai eu l’opportunité de changer pour étudier Pseudomonas. Nous avons une certaine liberté, dans les sciences il faut être flexible, suivre les nouvelles tendances et les avancées techniques.

Quels sont les éléments qui vous ont motivée à étudier la biologie ?

J’étais très écologiste et proche de nature, j’aimais recycler, faire des composts, etc. Je n’avais cependant aucune idée de métier liée à cette passion. Mais ce que je fais aujourd’hui se rapproche de l’écologie, par l’étude des bactéries de biocontrôle. Mon travail permet de mieux comprendre l’environnement.

Dans quel(s) lieu(x) exercez-vous votre profession ? Etes-vous régulièrement amenée à vous déplacer ?

J’ai un laboratoire, je travaille presque toujours sur ma paillasse[9]. Certaines analyses me demandent d’utiliser des équipements dans d’autres salles du bâtiment, ou parfois dans les laboratoires de l’Institut Meurice (Haute Ecole Lucia de Brouckère, qui est située sur le campus du CERIA et forme des ingénieurs industriels en chimie et biochimie). Je suis en train d’aménager une salle et de l’équiper comme second laboratoire, nous venons de recevoir le matériel aujourd’hui. Je voyage à l’étranger pour des congrès, souvent en Europe, une fois par an durant quatre ou cinq jours.

Quelle part prennent les tâches administratives dans votre travail ?

C’est raisonnable. Quand j’ai besoin d’un produit spécifique, j’effectue les recherches dans le catalogue pour préparer la commande, mais le secrétariat s’occupe du reste. Nous avons un rapport annuel à rédiger, mais les tâches administratives sont assez limitées.

Quels sont vos horaires de travail ?

Les horaires sont flexibles, c’est un grand avantage quand on a des enfants. Nous pointons et devons faire une moyenne de 37h30 par semaine. Je peux faire plus d’heures une semaine et moins la suivante par exemple. Je travaille tous les vendredis soirs, afin de boucler les expériences et le travail de la semaine et de tout préparer pour le lundi suivant. C’est le soir où mon mari s’occupe des enfants. Cela me permet aussi d’accumuler des heures supplémentaires que je récupère pour prolonger mes jours de vacances. Je dois parfois revenir le week-end pour certaines expérimentations, mais c’est rare.

Quels sont les aspects positifs et négatifs de votre métier ?

J’aime vraiment l’indépendance et la passion liées à ce métier. Se questionner apporte de grandes satisfactions. La recherche prend parfois beaucoup de temps, mais j’adore quand je comprends ou trouve quelque chose. Parfois c’est dur : on n’obtient pas de résultat ou on tombe sur quelque chose qui est déjà connu. J’aime aussi les responsabilités qui y sont liées. Un aspect négatif pour moi était le manque de sécurité d’emploi au début de ma carrière. Je n’étais jamais certaine que mon contrat serait renouvelé, ce n’était pas évident pour la vie de famille.

Quelles qualités faut-il posséder pour exercer ce métier ?

Il faut être consciencieux, répéter toutes les opérations et réaliser tous les contrôles nécessaires. Il faut être ouvert aux nouvelles techniques, suivre la littérature et les développements dans le domaine.

Quel conseil donneriez-vous à un jeune qui souhaite se lancer dans ce métier ?

De faire des études scientifiques, en biologie, en chimie ou en bio-ingénierie. Il est nécessaire qu’il ait au départ une bonne base dans toutes les sciences, y compris la physique et les mathématiques. J’ai essayé de convaincre mes garçons, mais ils n’ont pas la fibre scientifique !

Comment envisagez-vous votre avenir professionnel ?

J’espère rester ici. Mon évolution de carrière est plutôt horizontale, c’est-à-dire que j’ai peu de possibilités d’évoluer hiérarchiquement mais j’ai l’opportunité de développer mes recherches, d’installer un second laboratoire, etc. J’aimerai parfois avoir plus de responsabilités mais on ne peut pas tout avoir dans la vie.

 

[1] Institut de recherches microbiologiques Jean-Marie Wiame à Bruxelles.

[2] Une levure est un champignon unicellulaire apte à provoquer la fermentation des matières organiques animales ou végétales. Les levures sont employées pour la fabrication du vin, de la bière, des alcools industriels, des pâtes levées et d'antibiotiques.

[3] Un agent phytopathogène est un organisme vivant (bactérie, virus, mycète, etc.), susceptible d'infecter les végétaux et d'y déclencher des maladies.

[4] La lactoferrine est une protéine qui a des effets bactéricides et qui joue un rôle important dans la stimulation de notre système immunitaire. Elle est présente dans lait. Ses concentrations dans le lait maternel humain sont 5 à 10 fois plus élevées que dans le lait de vache.

[5] Le criblage désigne, dans les domaines de la pharmacologie, de la biochimie, de la génomique et de la protéomique, les techniques visant à étudier et à identifier des molécules aux propriétés nouvelles, biologiquement actives.

[6] Une boîte de Petri est une boîte cylindrique transparente peu profonde, en verre ou en plastique, munie d'un couvercle. Facilement manipulable, empilable et peu coûteuse, elle est utilisée en microbiologie pour la mise en culture de micro-organismes, de bactéries ou de cellules.

[7] Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce codé dans son acide désoxyribonucléique (ADN) à l'exception de certains virus dont le génome est porté par des molécules d'acide ribonucléique (ARN).

[8] La mangrove est un écosystème de marais maritime incluant un groupement de végétaux, ne se développant que dans la zone de balancement des marées des côtes basses des régions tropicales. On trouve aussi des marais à mangroves à l'embouchure de certains fleuves.

[9] Nom donné au plan de travail dans un laboratoire.

 
SIEP.be, Service d'Information sur les Études et les Professions.